Najjednoduchšie sa to dá vysvetliť takto: probiotiká dodávajú živé mikroorganizmy, prebiotiká slúžia ako potrava pre vybrané mikroorganizmy, ktoré už v čreve žijú.

Probiotiká sú konkrétne baktérie alebo kvasinky, ktoré pri dostatočnom množstve môžu priniesť zdravotný úžitok. Neplatí však, že každá „dobrá baktéria“ alebo každý výrobok s miliardami baktérií automaticky funguje. Účinok závisí od konkrétneho kmeňa, dávky a dôvodu, pre ktorý sa používa.

Prebiotiká fungujú inak. Nedodávajú nové baktérie, ale poskytujú živiny, ktoré vybrané črevné mikroorganizmy dokážu využívať. Patria sem napríklad inulín, FOS alebo GOS. Nie každá vláknina je však automaticky prebiotikum.

Probiotiká a prebiotiká teda nie sú konkurenti. Jedny dodávajú konkrétne mikroorganizmy, druhé podporujú prostredie a mikroorganizmy, ktoré už v čreve máme.

V bežnom živote by som však začal predovšetkým stravou – dostatkom vhodnej vlákniny, pestrými rastlinnými potravinami a fermentovanými potravinami podľa tolerancie. Probiotický alebo prebiotický doplnok môže mať svoje miesto, ale nenahradí dlhodobo dobre nastavený jedálniček.